由于显微镜要求，制备样本的选择仅限于： 整体安装，其中整个生物体或结构足够小或足够薄，可以直接放置在显微镜载玻片上（例如，小的单细胞或多细胞生物体或膜）可以薄薄地拉伸到载玻片上）“挤压”制剂，其中细胞被故意压扁或压碎到载玻片上以显示其内容物（例如，植物标本，其中细胞被破坏以显示染色体）涂片，其中标本由细胞组成悬浮在液体（例如血液、精液、脑脊液或微生物培养物）中，或者从表面或器官内部刮擦、刷洗或吸出（吸出）单个细胞（脱落细胞学）。涂片是众所周知的“巴氏涂片检查”的基础，用于筛查女性宫颈癌。切片，以某种方式支撑标本，以便可以从其中切下非常薄的切片，安装在载玻片上并染色。使用称为“切片机”的仪器制备切片。在这些选项中，只有整体安装和切片保留了单个细胞和细胞外成分之间的结构关系。涂片和南瓜制剂提供了有关单个细胞和相对细胞数量的详细信息，但结构关系丢失了。切片的制备是这些方法中技术上最复杂的，因为它需要专门的设备和大量的专业知识。病理学家对切片进行显微镜检查是癌症诊断的基石。尽管从动物和植物材料制备切片的方法相似，但以下描述涉及动物（人类）组织。
